Durch zahlreiche Ausnahmen und ungenaue Berechnungsgrundlagen, so ein wesentlicher Kritikpunkt, sei eine transparente und realistische Bilanzierung nicht möglich. Die Umweltverbände BUND, DNR, DUH, Germanwatch, Greenpeace, Grüne Liga und NABU haben die Verordnung als umweltpolitisch völlig unzureichend kritisiert. Sie weisen darauf hin, dass der Entwurf zahlreiche Ausnahmen und Abzugsmöglichkeiten für Nährstoffzugänge und -abgänge in Agrarbetrieben vorsehe, die den Schutz der Gewässer massiv untergrüben. Die Verordnung sollte Nährstoffe jedoch transparent bilanzieren und realistisch abbilden.
„Die Einführung einer ehrlichen und vollständigen Hoftorbilanz ist angesichts alarmierender Nitratbelastungen die zentrale Aufgabe des neuen Düngerechts. Doch mit den jetzt vorgeschlagenen Bilanzmethoden öffnet das Bundeslandwirtschaftsministerium neue Schlupflöcher zugunsten von Tierfabriken und Güllehändlern“, erklärten die Verbände in einer gemeinsamen Stellungnahme. Nach ihrer Überzeugung müsse die Pflicht zur Stoffstrombilanzierung schnellstmöglich und ausnahmslos auf alle Agrarbetriebe ausgeweitet werden. Auch die Verbände der Wasserwirtschaft fordern Nachschärfungen am Referentenentwurf für die Stoffstrombilanzverordnung.
Aus Sicht der Branchenverbände der deutschen Wasserwirtschaft VKU und BDEW bietet der Referentenentwurf für eine Stoffstrombilanzverordnung zu viele Schlupflöcher für die meisten landwirtschaftlichen Betriebe. Die Verordnung soll helfen, die Überdüngung mit Gülle und Kunstdünger einzudämmen und außerdem soll sie dafür sorgen, dasd der Eintrag von Nitrat, Phosphatverbindungen und anderen Stoffen ins Grundwasser sinken.
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